Минданао находится на юге Филиппинского архипелага. Минданао с островами Сулу, островом Сиаргао и множеством мелких островков составляет островную группу Минданао (одну из трех, на которые условно делится Филиппинский архипелаг).
Очертания острова Минданао сложные, с крупными заливами и полуостровами. На запад протянулся полуостров Замбоанга, ограничивающий залив Моро. На юго-востоке в остров Минданао врезался залив Давао, на берегу которого находится главный город острова, крупнейший по площади в стране и третий по населению — Давао.
